看看别人如何用 CiteBox
提升研究效率

真实场景,真实用法。从日常科研工作中发现 CiteBox 的更多可能。

CB
CiteBox Bot
PDF
scRNA-seq_analysis.pdf
2.4 MB
已导入论文「Single-cell RNA-seq reveals...」,共提取 8 张图表。
找一张 UMAP 图
找到 2 张相关图表:
1. Fig.2a UMAP clustering
2. Fig.3b Cell type UMAP
WeChat ClawBot

微信里的文献管理助手

通过微信 ClawBot 企业机器人,直接在手机上转发 PDF 论文,CiteBox 自动导入、解析图表、提取元数据。随时随地用聊天指令检索文献、浏览图表、向 AI 提问——把碎片时间变成高效阅读时间。

使用场景

你正在地铁上刷到一篇有趣的论文 PDF,或者同事在微信群里分享了一篇新文献。打开电脑太麻烦?直接把 PDF 转发给 CiteBox 的微信机器人,论文就会自动入库。等你到了实验室,打开 CiteBox 桌面端,文献已经整理好,图表也都提取完毕——随时开始深度阅读。

配置步骤

1

部署 CiteBox 服务

在你的服务器或本地电脑上启动 CiteBox 后端服务。确保服务可以访问外网,以便与微信 iLink Bot API 通信。

2

配置 PDF 提取方案

在设置页面的「PDF 提取配置」中选择提取方案。默认的「手工」方案仅提取 PDF 全文,不会自动识别图表。推荐选择「内置 LLM 坐标提取」,并在「图片场景」模型中配置视觉模型,即可实现图表的自动检测与裁剪。

推荐使用 Qwen/Qwen3-VL-32B-Instruct 作为视觉模型,该模型对论文图表的坐标提取效果较好。配置后,通过微信发送的 PDF 也会自动使用该方案提取图表。
3

绑定微信账号

在 CiteBox 设置页面点击「绑定微信」,系统生成 iLink Bot 登录二维码。用微信扫码授权后,机器人自动绑定到你的 CiteBox 实例。

CiteBox 使用微信 iLink Bot 企业机器人协议,绑定后你会在微信中看到一个名为 ClawBot 的联系人。
4

启用消息桥接

在设置中开启「微信桥接」开关。CiteBox 会以后台轮询的方式持续监听微信消息,收到 PDF 文件时自动触发导入流程。

5

开始使用

在微信中找到 ClawBot 联系人,直接发送 PDF 文件或文字指令。论文自动入库,图表自动提取,一切在后台完成。

聊天指令

在微信中向 ClawBot 发送以下指令,即可远程操作你的文献库。也可以直接发送自然语言,AI 会自动理解你的意图并执行对应操作。

搜索文献

搜索论文或图表,支持中英文关键词,AI 智能匹配最相关的结果。

/search 单细胞转录组

浏览图表

查看当前论文的所有图表,选择特定图表可查看高清预览图。

/figures

AI 问答

对当前论文提出问题,AI 基于论文全文生成回答,支持多轮对话。

/ask 这篇文章用了什么分析方法?

更多指令

查看最近导入的论文、为图表添加笔记、AI 解读图表、重置上下文等。

/help

对话示例

以下是一个典型的使用场景:从转发 PDF 到检索图表、AI 问答的完整流程。

PDF
spatial_transcriptomics_2024.pdf
3.1 MB
已导入论文「Spatial transcriptomics reveals cell-type organization in human brain」

标题:Spatial transcriptomics reveals...
期刊:Nature Neuroscience
年份:2024
图表:共提取 12 张

发送 /figures 查看所有图表
—— 稍后 ——
有没有热图?
找到 3 张相关图表:

1. Fig.4a 基因表达热图
2. Fig.5c 细胞类型标志物热图
3. Fig.S3  差异表达热图

发送 /figure 1 查看详情
/figure 1
Fig.4a — Gene expression heatmap across spatial domains
[图片预览]

发送 /interpret 让 AI 解读此图
/ask 这篇文章的主要发现是什么?
根据论文内容,主要发现包括:

1. 利用空间转录组技术揭示了人脑皮层中细胞类型的空间分布规律
2. 发现了特定细胞亚群在不同脑区的富集模式
3. 鉴定出若干新的空间特异性标志基因
4. 构建了高分辨率的人脑细胞类型空间图谱

微信桥接一览

12+
支持的聊天指令
AI
自然语言智能路由
0
配置成本(扫码即用)
Spatial transcriptomics reveals cell-type...
AI Companion
这篇用了什么方法?
本文采用 10x Visium 空间转录组技术,结合单细胞 RNA-seq 进行...
解读 Fig.2a
AI Companion

AI 辅助论文精读

打开一篇复杂论文,AI 阅读伴侣帮你逐段拆解:对全文提问、解读图表含义、翻译生僻术语、切换不同专业视角——把「硬啃论文」变成「对话式阅读」。

使用场景

你需要精读一篇跨学科论文——空间转录组 + 深度学习的结合。方法部分涉及不熟悉的算法,结果部分有大量复合图表。以前你可能花一整天查资料、翻术语,现在打开 CiteBox 的 AI 阅读伴侣,直接对论文提问,AI 基于全文内容生成回答;遇到看不懂的图,让 AI 逐步解读;碰到生僻的英文术语,选中即翻译。读完一篇论文的时间,从一天缩短到两小时。

AI 能力

CiteBox 的 AI 阅读伴侣不只是聊天机器人——它读过你正在看的论文全文,理解上下文,给出精准回答。

论文问答

基于论文全文的多轮对话,AI 理解上下文,回答关于方法、结论、数据的任何问题。

图表解读

选中任意图表,AI 结合论文内容与视觉信息,解读图表含义、标注关键发现。

即时翻译

遇到生僻术语或长难句,选中文本即可翻译,支持中英双向,保留学术语境。

角色切换

预设或自定义 AI 角色——「入门解说员」「方法论专家」「统计审稿人」——用最适合你的视角解读论文。

对话示例

以下是一个典型的 AI 阅读场景:打开论文 → 提问方法 → 解读图表 → 追问细节。

打开论文「Spatial transcriptomics reveals...」
这篇文章用了什么实验技术和分析方法?
根据论文 Methods 部分:

1. 实验技术:10x Visium 空间转录组平台,对人脑皮层冷冻切片进行空间基因表达捕获
2. 配套数据:同一组织的单细胞 RNA-seq(snRNA-seq)作为参考图谱
3. 分析方法:
   - 使用 Cell2location 进行空间反卷积
   - UMAP 降维 + Leiden 聚类
   - Moran's I 统计量检测空间自相关基因
4. 验证:RNAscope 原位杂交验证关键标志基因的空间表达
—— 切换到图表解读 ——
解读 Fig.2a,这张 UMAP 图说明了什么?
Fig.2a 是对 snRNA-seq 数据的 UMAP 降维可视化:

- 共鉴定出 15 个细胞簇,用不同颜色标注
- 兴奋性神经元(Ex)和抑制性神经元(In)各自形成独立的大簇
- 非神经元细胞(星形胶质细胞、少突胶质细胞、小胶质细胞)在 UMAP 空间中明显分离
- 关键发现:Ex-L2/3 和 Ex-L5/6 亚群分别对应皮层不同层次,说明转录组差异反映了空间位置信息

这张图为后续的空间反卷积分析奠定了细胞类型注释基础。
Cell2location 和 RCTD 比有什么优势?
论文在 Supplementary Discussion 中提到了这一点:

Cell2location 相比 RCTD 的主要优势:
1. 采用贝叶斯框架,能估计每个 spot 中多种细胞类型的绝对丰度(而非仅比例)
2. 对低丰度细胞类型的检测灵敏度更高
3. 内置正则化机制,在高噪声区域表现更稳健

不过作者也指出,两种方法在主要细胞类型的空间分布上结论一致,差异主要体现在稀有细胞类型上。

AI 阅读伴侣一览

Stream
流式输出,实时响应
Multi
多轮对话,上下文连贯
N+
支持多模型 / 多角色
heatmap...
UMAP
Fig.2a
scRNA cluster
Heatmap
Fig.4c
DE expr
Violin
Fig.3b
Spatial
Fig.5a
spatial
Figure Library

图表素材库:从论文到汇报

从 30+ 篇论文中自动提取所有图表,按关键词搜索、按标签筛选、拆分复合子图、提取配色方案——把散落在 PDF 里的图表变成随时可用的可视化素材库。

使用场景

你正在准备开题报告,需要从几十篇文献中挑选代表性的实验结果图。以前你一篇篇打开 PDF 截图,命名混乱,找图全靠记忆。现在把文献批量导入 CiteBox,图表自动提取入库。想找「UMAP 图」?搜一下就出来。某张图里有 6 个 panel 只需要其中两个?子图拆分帮你搞定。做 PPT 配色想和论文统一?直接从图表提取配色方案。

工作流程

1

批量上传,自动提取

将文献 PDF 批量上传到 CiteBox,系统自动解析全文并提取所有图表。支持手工标注模式和 LLM 视觉模型自动检测两种方式。

2

搜索与筛选

在图表库中按关键词搜索(支持图表标题、注释、笔记的全文检索),或按分组、标签快速筛选,精确定位目标图表。

3

子图拆分

论文中常见的复合图(如 Fig.2 包含 a/b/c/d 四个子图),CiteBox 支持手动框选拆分为独立子图,每个子图可单独搜索、标注、导出。

4

提取配色,统一风格

选中任意图表,一键提取主要颜色生成配色方案。做 PPT、画图时直接复用论文配色,保持视觉风格一致。配色方案保存在配色库中,随时调用。

核心功能

CiteBox 的图表库不只是截图收藏夹——它理解图表的结构,让你像管理代码一样管理科研图表。

全文检索

基于 FTS5 trigram 的全文搜索,覆盖图表标题、描述和笔记,中英文混合搜索无压力。

标签筛选

为图表打上自定义彩色标签(如「UMAP」「热图」「流式」),按标签快速分类筛选。

子图管理

将复合图拆分为 a/b/c/d 等子图,层级关系清晰。子图按需裁剪,不额外占用存储空间。

配色提取

从任意图表中提取主要颜色,生成可复用的配色方案,保存到配色库统一管理。

图表库一览

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Trigram 全文搜索引擎
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子图拆分与层级管理
HEX
配色提取与配色库
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